2003թ-ից ի վեր ԵԴԱԻ-ն համագործակցում է հետևյալ կառույցների հետ.

ՀՀ Առողջապահության նախարարություն,

ՀՀ Կրթության, գիտության, մշակույթի և սպորտի նախարարություն,
ՀՀ Աշխատանքի և սոցիալական հարցերի նախարարություն,

տեղական առողջապահական կառույցներ և բուժհաստատություններ,

Առողջապահության համաշխարհային կազմակերպություն (ԱՀԿ),

ՄԱԿ-ի մանկական հիմնադրամ (UNICEF),

ՄԱԿ-ի բնակչության հիմնադրամ (UNFPA),

Առաքելություն Արևելք Հայաստան,

Վորլդ Վիժն Հայասատան,

Հայաստանի մանուկներ հիմնադրամ,

Հայ օգնության ֆոնդ,

Ջինիշյան հիշատակի հիմնադրամ,

ԱՄՆ միջազգային զարգացման գործակալություն,

ՄԱԿ-ի ՄԻԱՎ/ՁԻԱՀ-ի հարցերի համատեղ ծրագիր (UNAIDS),

Միավորված ազգերի Կրթության,

գիտության և մշակույթի կազմակերպություն (ԿՏՏԻ ՅՈՒՆԵՍԿՕ),

առողջապահության ոլորտում գործող այլ տեղական և միջազգային կազմակերպություններ: